Prikupljanju, obradi, pohrani i zaštiti znanstvene dokumentacije od samog se osnutka Instituta posvećivala posebna pažnja. Riječ je o građi prikupljenoj u okviru redovne znanstvenoistraživačke i stručne djelatnosti Instituta, no i o materijalima prepisanim ili presnimljenim iz drugih arhiva, poklonjenim ili nabavljenim otkupom. Danas ta građa, sustavno prikupljana tijekom više od šest desetljeća postojanja Instituta, tvori jedinstveni fundus folklorističkih i etnografskih dokumenata o hrvatskoj tradicijskoj kulturi dvadesetog stoljeća, o drugim narodnostima u Hrvatskoj kao i o Hrvatima izvan Hrvatske. Jedinstvenost i neprocjenjivu vrijednost te dokumentacijske građe naglašava i činjenica da je, kao cjelina, godine 1991. upisana u Registar pokretnih spomenika kulture Regionalnog zavoda za zaštitu spomenika kulture u Zagrebu te da kao cjelina ima značaj spomenika kulture “0” i “I” kategorije.
Dokumentacija se sastoji od rukopisnog fonda koji sadrži 2276 zbirki tekstova i notnih zapisa, 19 zbirki plesova i 374 kinetograma. Tu je zatim 57 zbirki crteža s oko 2000 tabli, 4355 fonotečnih jedinica (koje sadrže uglavnom glazbene snimke, ali i kazivanja), diskoteka s 1488 jedinica, fototeka i diateka s ukupno 76672 jedinica, zbirka razglednica s 934 jedinica te 1956 video jedinica i 51 film. Građa pokriva područja glazbe, plesa, usmene i pučke književnosti, folklornog kazališta, likovnog izraza, tradicijskih običaja, a dokumentiraju se i suvremeni običaji i događanja. Svi se podaci o građi obrađuju u kompjuterskim bazama koje se stalno nadopunjuju i proširuju, a zahvaljujući kojima su uvid u građu i pretraživanje arhiva vrlo jednostavni i brzi.
U svrhu zaštite i lakše dostupnosti građe, 1997. godine započelo se s projektom digitalizacije i restauracije fonoteke (do danas je prebačeno na CD-e oko 840 najstarijih magnetofonskih vrpci), a krajem 2002. krenulo se i s digitalizacijom unikatnih notnih zapisa te je do danas digitalizirano ukupno 230 zbirki.
Građa Instituta raspoloživa je prvenstveno djelatnicima Instituta za njihov rad na etnološkim i folklorističkim znanstvenim istraživanjima. Međutim, građa je dostupna i vanjskim korisnicima, tj. svim ustanovama i pojedincima zainteresiranim za njezinu primjenu u znanosti, obrazovanju, umjetnosti i kulturi, te u kulturnom amaterizmu.
