Znanstvenoistraživačka djelatnost Instituta obuhvaća studijski rad, terenska i arhivska istraživanja, objavljivanje i primjenu rezultata istraživanja, organizaciju i sudjelovanje na znanstvenim i stručnim skupovima. U svom znanstvenoistraživačkom radu suradnici IEF-a njeguju od institucionalnog začetka utemeljene vrijednosti interdisciplinarnog i transdisciplinarnog kritičkog istraživanja kulture te nastavljaju s disciplinarnim bavljenjem etnološkim, folklorističkim, etnomuzikološkim i etnokoreološkim temama. U središtu znanstvenoistraživačkih prioriteta je nacionalni okvir kulture u međunarodnom kontekstu. Istraživanja se – s novim teorijskim pristupima i drukčijim fokusima – nastavljaju na teme koje su obilježile i odredile identitet institutskih istraživanja u posljednjih tridesetak godina.